秋季，石榴树往往会萌发许多二、三次新梢，从而使树冠枝条密集，造成通风透光不良，引起果实增大慢、着色不良，也影响内膛叶丛枝和短枝形成花芽。因此，加强秋季修剪显得尤为重要。
1.疏枝。继续剪除密生的、徒长的、有病虫的萌枝、萌蘖。要求疏枝后树冠下的光斑均匀分布于地面上，以占全树冠投影面积的10%～15%为适合。保证果实直接见光，使内膛叶丛枝及短枝见光充足，形成花芽快。对剪下的病虫果枝采取深埋或焚烧。
2.剪根。石榴树衰老的表现特征之一是根系老化衰亡，因此根据石榴树结果情况，逐年进行根系修剪是十分必要的。可于10月中旬至11月(采果后及落叶前)，结合秋扩穴翻施有机肥，在树冠外围挖环状或平行沟(深度50～100厘米)，切断部分小于1厘米直径的根，有利于根系再生和扩大。