如前面所述，甘蔗是糖厂的重要制糖原材料。一个甘蔗良种如果混杂了其他品种，不仅降低了良种的纯度从而降低了其增产潜力，另方面也增加了糖厂收购原料甘蔗的困难，造成工农两方面的矛盾。
通常在混杂了其他品种的甘蔗良种群体内，其个体间矛盾增大，生长不整齐，成熟先后不一致，对原有良种的产量和质量都会有所降低，同时还会增加蔗田管理的困难。另外我们目前采用的是“按品种论价”的方式收购原料蔗，如果高价收购的良种原料蔗混杂了低价收购的其它品种，会引起糖厂收购原料甘蔗问题的纠纷，势必做成工农矛盾。所以在甘蔗生产中我们一定要防止品种的混杂。
而生产上造成甘蔗品种混杂的原因是多方面的，但最主要的是甘蔗补植（新植蔗补苗或宿根蔗补苗）时没有准备足够的补植种苗而补上其它品种而造成。另外在选留种苗时，又不严格执行去杂留纯制度。这样，年复一年，便大大降低了良种的纯度。
为了防止甘蔗生产中品种的混杂，在选留种苗时一定要严格进行去杂留纯制度。另外为了保证良种纯度，最好设置良种种苗基地，专为生产提供高纯度的良种种苗。还有，在甘蔗下种时应留足够的补植蔗苗，补植时一定要补回同一个品种。