造成牡丹茎基和根腐烂的病害很多，如白绢病、纹羽病、茎腐病、根腐病、根朽病等。牡丹白绢病：是由小菌核菌属的真菌引起的病害，主要危害植株的根颈部。发病初期，根颈表面形成白色菌丝，病部呈现水渍状褐色病斑。菌丝继续生长，根颈处全部覆盖白色丝绢状物，并产生褐色菌核。这时地上部分逐渐衰弱死亡。夏季高温多雨的季节(6～7月份)发病较重。 (2)牡丹纹羽病；主要危害根系。开始时细根霉烂，，以后发展到侧根和主根。病根表面可见到丝网状菌束，接近土面的根际还有绒毛状菌丝层。如果这种菌束和菌丝层为白色或灰白色，则表明这是白纹羽病；如为紫红色或紫褐色，则为紫纹羽病。牡丹受纹羽病侵染后，枝条细弱，叶变小，自下而上枯黄凋萎，枝干随之死亡。 (3)牡丹茎腐病：是核盘菌侵染引起的。发病时，先在茎基部产生水渍状褐色腐烂，进而植株灰白色枯萎。病菌侵染的茎干有白色菌丝体和大型黑色菌核。茎腐病较少侵染上部枝条。 (4)牡丹根朽病：多发生在老株上，危害从根颈处开始，沿主干、主根上下扩展。病部水渍状紫褐色。皮层与木质部之间有白色至淡黄色的扇形菌丝层，皮层常分离成薄片状溃烂，后期木质部腐朽。高温多雨季节，阴暗潮湿的根颈部常密生黄色蘑菇。 (5)防治牡丹茎基部和根腐烂的措施：一是要适应其生活习性，加强栽培管理。牡丹性喜阳光，宜栽植在高燥肥沃的沙壤土中。它忌积水，忌阴湿，低洼潮湿的地段易引发病害。同时，苗圃培养要注意轮作.二是土壤消毒对牡丹生长很有好处。常用方法如80％代森锌可湿性粉剂1000倍液浇灌，或40％五氯硝基苯粉剂与80％代森锌可湿性粉剂1:1混合，每平方米用8～10克即可。三是发现病株，应及时扒开表土，用利刀将病斑、菌丝等刮去，而后在伤口涂擦1％硫酸铜溶液或70％甲基托布津可湿性粉剂500倍液等。同时将周围土壤除去，换上新土(新土可与40％五氯硝基苯粉剂混合消毒，用药为土重的l％)，用45％代森铵水剂1000倍液浇灌也可。四是选用无病种苗进行繁殖.栽植前用80％代森锌可湿性粉剂300倍液浸泡10～15分钟，可起到杀菌作用。用于浸泡植株的药液还有为：0.1％硫酸铜溶液，浸泡3小时；石灰水，浸泡半小时等。浸泡后一定要用清水冲洗干净。