在离子色谱仪的结构中有一个部分容易被忽略，那就是抑制器，它的存在会给实验带来不同的结果。由于它是检测分析仪器的一种，人们想要通过实验对样品中各组份进行定量或者定性，如果结果出现偏差，那实验就是失败的。它不同于全自动固相萃取仪这类的仪器，它是用来处理样品的，只要保证样品的处理过程中不会出现损失即可，而这种仪器就没必要安装抑制器。
抑制器是离子色谱仪的核心部件，它一般都采用膜结构和柱结构。膜结构的一般由peek等塑料部件、树脂填料、树脂膜组成，也有的会用到些纯钛等部件。柱结构，柱管及接头等大多都是peek等耐腐蚀材料，填料大多都是抑制树脂或抑制胶等。
一、纤维抑制器
这种抑制系统采用阳离子交换的中空纤维作为抑制器，外通硫酸作为再生液，可连续对淋洗液进行再生，这种抑制器的死体积比较大，抑制容量也不高。
二、微膜抑制器
这种抑制系统采用阳离子交换平板薄膜，中间通过淋洗液，而外两侧通硫酸再生液。这种抑制器的交换容量比较高，死体积很小，可进行梯度淋洗。
三、树脂填充抑制柱
该抑制系统采用高交换容量的阳离子树脂填充柱(阴离子抑制)，通过硫酸，将树脂转化为氢型。它抑制容量不高，需要定期再生，而且死体积比较大，对弱酸根离子由于离子排斥的作用，往往无法准确定量。这类抑制器目前已经基本不用，但美国alttech公司将这类抑制器加以改进，使填充柱需要再生时会变色，并采用电化学法再生，大大改进了传统的方法，提高了抑制器的性能。
四、电解抑制器
这种抑制系统采用阳离子交换平板薄膜，通过电解产生的h+，对淋洗液进行再生。采用填充柱抑制器，通过合适的电解进行再生，同样具有方便、高效的功能；在化学抑制和电化学再生的基础上，再进行了二氧化碳的排除，可以有效降低背景电导值以实现不同碳酸盐的梯度淋洗。