总体上来说凝胶成像可应用在：
凝胶成像系统可以用在：蛋白质、 多肽、氨基酸、核酸、多聚氨基酸等其他生物分子的分离纯化结果作定性分析
（1）分子量定量 对于般常用的dna胶片,利用分子量定量功能,通过对胶上dna marker条带的已知分子量注释,自动生成拟合曲线,并以它衡量得到未知条带的分子量。通过这种方案所得到的结果较肉眼观察估计要准确很多。
（2）密度定量 般常用的测量dna和rna浓度的方案是紫外吸收法,但它只能测量样品中的总核苷酸浓度,而不能区分各个长度片段的浓度。利用凝胶成像系统和软件,先将dna胶片上某已知其dna含量的标准条带进行密度标定以后,可以方便的单击其他未知条带，根据与已知条带的密度做比较，可以得到未知dna的含量。此方案也适用在对pa ge蛋白胶条带的浓度测量。