底部沉积物采样：沉积物可用抓斗、采泥器或钻探装置采集。典型的沉积过程-般会出现分层或者组分的很大差别。此外，河床高低不平以及河流的局部运动都会引起各沉积层厚度的很大变化。采泥地，点除在主要污染源附近、河口部位外，应选择由于地形及潮汐原因造成堆积以及底泥恶化的地点。另外也可选择在沉积层较薄的地点。在底泥堆积分布状况未知的情况下，采泥地点要均衡地设置。在河口部分，由于沉积物堆积分布容易变化,
必须适当增设采样点。采泥方法，原则在同一地方稍微变更位置进行采集。
混合样品可由采泥器或者抓斗采集。需要了解分层作用时，可采用钻探装置。
在采集沉积物时，不管是岩芯还是规定深度沉积物的代表性混合样品，必须知道样品的性质，以便正确地解释这些分析或检验。此外，如对底部沉积物的变化程度及其性质难予预测或根本不可能知道时，应适当增设采样点。
采集单独样品，不仅能得到沉积物变化情况，还可以绘制组分分布图，因此，单独样品比混合样品的数据更有用。
样品容器也适用于沉积物样品的存放，均使用广口容器。由于这种样品含有大量的水分因此要特别注意容器的密封。