化学废水排放系统由水槽、排水管和消纳池组成。水槽通常采用陶瓷盆或人造石盆。消纳池是针对化学实验排放废水中的酸、碱性无机溶液而设立的预处理装置。废水通常在整体上呈酸性，由专人管理并定期投放石灰等碱性物质中和达标后排放到环境污水系统。
过去排水管采用铸铁管，使用十余年后往往被铁锈堵塞甚至因严重腐蚀而漏水。目前较通用的排水竖管（包括弯头、三通等附件）是内壁涂复环氧树脂的铸铁件或upvc管材。横管为维修方便起见多用upvc管材。
upvc是不添加增塑剂的聚氯乙烯，通常用于制造民用水管。上水管较厚，抗水压，用的稳定剂无毒；下水管稍薄，采用较廉价的低毒稳定剂。二氯乙烷、乙酮（甲乙酮）、四氯乙烷等化学试剂对upvc管有强烈溶胀作用。
尤其是前四种试剂，不溶于水，比重大于水，极易沉积在排水管的储水弯（俗称“p弯”）内，即使是少量也足以使弯头腐蚀。对于倾斜度不足或因有沉积物而排水不畅的管道，会使整段腐蚀，造成严重后果。现在，很多高校都对有机实验进行了改革，采用了小量和微量实验，减少了废液量。
即使如此，按照实验室评估的标准，有机废液也必须专门收集并由具有化学废弃物处理认证资质的厂商进行焚烧处理。（尤其是含氯的有机溶液，必须通过1500℃以上的高温燃烧才能分解为二氧化碳、水和氯化氢。若低温燃烧则会产生剧毒致癌物质）。但在实际操作中，因为疏忽或管理不善而将有机废液甚至违禁试剂倒入排水系统，这是要禁止的。