在防治中药材病虫害时，有些农药不能使用。一是剧毒农药，如有机磷类的久效磷、呋喃丹、甲胺磷、1605、毒杀酚、甲基异柳磷、鱼藤精、磷胺等，施用后在短期内毒性难以消失，容易造成中药材带毒收获加工。二是低毒但残留期长的农药，如有机磷类中的六六六、倍硫磷、有机氯、有机氮类的滴滴涕、狄氏剂等，病人服用施过这些农药的中药材后，不但降低药效和防治效果，还会导致慢性中毒。
那么，防治药材病虫害宜使用哪些农药呢？一般来说，凡高效低毒、残留期短的农药都可使用，如有机磷类中的敌百虫、敌敌畏、乐果、辛硫磷等；菊酯类的速灭杀丁、敌杀死等；杀菌剂中的波尔多液、石硫合剂、代森锌、多菌灵、双效灵、代森铵、抗枯宁、百菌清等。使用农药时应按使用说明或在技术人员指导下进行，用量过大的仍有可能导致药害。另外，在中药材收获前20天，严禁使用农药。