有毒害作用的肥料有毒害作用的肥料（如尿素）常生成少量的缩二脲，其含量若超过2%，对苗木种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，会使蛋白质变性，毒害苗木种子和幼根。
含有害离子的肥料含有害离子的肥料（如氯化钾）施入土壤后会产生水溶性氯化物，对苗木种子发芽和幼苗生长不利，甚至烧种烧苗。硝酸铵、硝酸钾等肥料所含的硝酸根离子，对苗木种子发芽也有很强的毒害作用。
未充分腐熟的农家肥未充分腐熟的厩肥、人粪尿水等，施后在发酵过程中不仅会释放大量热能烧坏种芽和根系，且能释放氨气灼伤幼苗。因此各种农家有机肥必须经过堆沤高温发酵、充分腐熟后才能做种肥。
有腐蚀作用的肥料有腐蚀作用的肥料如碳酸氢铵等具有挥发性和腐蚀性，易熏伤苗木种子和幼苗，不宜在苗木上施用，尤其忌做种肥。