百日草的叶、花、茎等部位均可受到黑斑病的危害。发生时叶上病斑散生，呈现浅红色、紫褐色圆形至不规则形，后期有灰白色中心病斑且稍具有轮纹，上面生出少许灰黑色霉层。严重时，病斑扩大并相互汇合，叶片快速变褐干枯，花最后变黑褐色，过早凋落。当茎部受害时，节间有无数紫红褐色斑，有时斑块还能环切茎节，引起整株枯萎。病菌主要以菌丝体在土表病残体上越冬，种子也可以带菌。分生抱子靠风雨淋溅近距离里传播。较高温度和多湿条件有利于病害发生。
防治方法:①彻底清除庭院、花坛病残体。②在无病株上采种;种子消毒可用福美双拌种。③发病初期，及时用代森锌、代森锰、福美双以及托布津等药剂喷洒植株下部叶片。④避免过度密植，不要使盆土太潮湿，注意通风透光。