多菌灵能防治多种花卉的真菌性叶部病害和茎腐病、根腐病。使用方法也多种多样。
(1)种子或种苗处理 防治百日草黑斑病用50％可湿性粉剂1 000倍液浸种5～10分钟。防治唐菖蒲枯萎病，用50％可湿性粉剂500倍液浸球茎30分钟再种植。防治马蹄莲叶霉病，用50％可湿性粉剂250倍液浸种30分钟。防治仙人掌炭疽病，在茎节繁殖前，用50％可湿性粉剂浸茎节5～10分钟。
(2)土壤消毒 一般是每平方米用50％可湿性粉剂6～8克，配成毒土，用1／3毒土垫播种沟(穴)，2／3毒土盖籽。可防治多种花卉幼苗猝倒病、立枯病、白绢病以及仙人掌类炭疽病、令箭荷花黑霉病、昙花黑霉病、四季海棠茎腐病等。
(3)藻根及根际土壤一般用50％可湿性粉剂400～500倍液灌根或浇灌根际土壤，可防治多种花卉的根腐病、茎腐病、枯萎病以及鸡冠花褐斑病、百合基腐病、水仙鳞茎基腐病等。
(4)喷雾一般用50％可湿性粉剂600～1000倍液，可防治多种花卉的白粉病、黑斑病及其他真菌性叶斑病等。